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Além da digestão, absorção de nutrientes e a excreção de resíduos o intestino também tem uma grande influência no desenvolvimento e na função do sistema imunológico, síntese de neurotransmissores e produção hormonal.

Além disso, o microbioma intestinal é ainda rotulado como um órgão de apoio porque desempenha muitos papéis importantes. O microbioma consiste em micróbios que são úteis e potencialmente prejudiciais.​ A maioria é simbiótica (onde tanto o corpo humano quanto a microbiota se beneficiam) e alguns, em menor número, são patogênicos (promovendo doenças).​ 

Em um corpo saudável, a microbiota patogênica e simbiótica coexistem sem problemas.​ Mas se houver um distúrbio nesse equilíbrio – causado por doenças infecciosas, certas dietas ou o uso prolongado de antibióticos ou outros medicamentos – ocorre a disbiose, interrompendo essas interações normais.​Como resultado, o corpo pode se tornar mais suscetível às doenças.

A microbiota estimula o sistema imunológico​, decompõe compostos alimentares potencialmente tóxicos e sintetiza certas vitaminas e aminoácidos. Por exemplo, as principais enzimas necessárias para formar a vitamina B12 são encontradas em bactérias. A fermentação de fibras indigeríveis causa a produção de ácidos graxos de cadeia curta (AGCC) que podem ser usados ​​pelo corpo como fonte de nutrientes, mas também desempenham um papel importante na função muscular e na prevenção de doenças crônicas, incluindo certos tipos de câncer e distúrbios intestinais.

Cada pessoa tem uma rede única de microbiota que é originalmente determinada pelo seu DNA.​ Uma pessoa é exposta a microrganismos pela primeira vez quando criança, durante o parto e através do leite materno. Mais tarde, as exposições ambientais e a dieta podem alterar o microbioma de uma pessoa para ser benéfica para a saúde ou colocar uma pessoa em maior risco de doença.